Van 1996 tot 2011 was hij actief voor de partij, waarin hij de laatste elf jaar fractievoorzitter was. In 2011 verliet hij de Dordtse politiek en ging hij aan de slag voor de Provinciale Staten. In 2014 werd Van Dongen gevraagd als wethouder in de gemeente Utrechtse Heuvelrug. Toen hij ziek werd, keerde hij in 2018 terug naar Dordrecht en werd hij lijstduwer voor D66.
Ook was hij Ridder in de orde van Oranje-Nassau. In 2011 ontving hij de erepenning van Alexander Pechtold.
De partij geeft aan Jan Willem te herinneren als intelligent, genuanceerd en integer, gericht op samenwerken en verbinden.
